臭氧是一种强氧化剂，有广谱杀菌、快速灭菌的特点，对空气和水中的微生物，细菌病毒等均有着极好的灭杀效果，杀菌反应后，多余的臭氧会自行分解为氧，无任何有害物残留物的产生，是世界公认的绿色高效环保杀菌剂。
臭氧对霉菌、细菌、病毒等微生物有极强的灭杀能力，臭氧直接通过破坏其(微生物)RNA和DNA完成的，在灭杀细菌、病毒类微生物时，则是臭氧先作用于细胞膜，继而破坏内组织直至溶解死亡。
使用臭氧消毒需要达到阀值浓度，臭氧浓度若低于阀值浓度，则无法达到杀灭细菌的效果，但浓度过高会使运行成本上升，因此在选用臭氧发生装置时，应算计好使用范围所需的臭氧浓度。根据《消毒技术规范》和实践应用数据，在GMP制药车间的洁净区，洁净级别三十万级取消毒需要保持臭氧浓度N＝5mg/M3，十万级取N＝10 mg/M3，万级取N＝30mg/M3，百级取N＝40mg/M3。
臭氧总用量计算公式为：W＝NV/（1－S）
式中：W－臭氧总用量（mg/M3） S－臭氧衰减率S＝40％ V－总体积（M3） N－洁净区域消毒需要保持的臭氧浓度（mg/M3）。 其中V＝V1＋V2＋V3，V1－洁净区域总体积；V2－空调风道体积；V3－补充新风量造成臭氧损失的有效体积（V3＝总风量×20％常规新风更换率×10％（保持洁净区域的正压补充新风量）×60％＝总风量×1.2％）。
臭氧不仅对人们有益，同时臭氧也是一种对环境污染的气体，我国环境空气质量标准（GB3095-1996 ）中规定臭氧的浓度限值（1 小时平均）一级标准为0.12mg/m 3 ；二级标准为0.16mg/m 3 ；三级标准为0.20mg/m 3 。臭氧的工业卫生标准大多数国家 很高限值为0.1ppm （0.20mg/m 3 ）。因此利用臭氧消毒杀菌浓度不应过高，臭氧发生器的产量不是越高越好。例如：一般家庭用室内杀菌的臭氧发生器产量应在200mg/h 左右， 很高不要超过400mg/h 。这样，在臭氧杀菌工作30~60min 后，室内残余浓度低于国家卫生标准要求。需要注意的是，一些过敏体质的人，长时间暴露在臭氧含量超过0.18mg/m 3 的环境下，会出现皮肤刺痒，呼吸不畅，咳嗽及鼻炎等症状。浓度再高，会给人体造成更大的伤害。
