O3zone-Pen电解臭氧发生器不应在含有大量氯化物的水（海水、微咸水）中使用，因为会形成氯和次氯酸盐等副产物。这些副产品也可以作为消毒剂，但需要更多时间才能降解。在死水中长时间电解会导致氯酸盐的形成。然而，由于高电流密度会限制物质向活性电极表面的传输，因此饮用水中氯的产生可以忽略不计。
臭氧将溴化物氧化成溴酸盐是事实。溴酸盐具有致癌性。因此，这种化学反应是不希望的。饮用水条例包含对这些物质的限制。可以通过降低水的 pH 值来减少溴酸盐的形成。
细胞中心的臭氧生成阳极涂有 PbO 2（每个阳极约 1 mg Pb）。该涂层在正常电解条件下化学稳定性可达数 1000 小时。
